Marc Lavergne est né le 6 mars 1953 à Mulhouse (Haut-Rhin). Il est le fils d’Annemarie Loux, professeure agrégée d’allemand, d’une famille luthérienne profondément enracinée dans le terroir alsacien, et de Jacques Lavergne, économiste d’entreprise, d’une famille lyonnaise descendant de maçons creusois du plateau de Millevaches (commune de Gioux, hameau des Farges) , où elle garde des attaches. La rencontre improbable de ces deux personnalités et de ces cultures très éloignées est le résultat de leur montée à Paris pour poursuivre leurs études, dans les années d’après-guerre.

Marc Lavergne est l’aîné de quatre enfants qui naîtront de cette union. Dès l’enfance, il est passionné de géographie : l’ouverture des parents sur le monde est concrétisée par le choix du père d’une carrière à Air France où il entre en 1958, tandis que sa mère fonde l’Institut d’échanges franco-allemands, une association destinée à permettre, à travers les échanges de jeunes filles au pair, la rencontre de la jeunesse des deux pays, préfigurant ainsi le traité d’amitié qui sera signé en 1963 entre le général de Gaulle et le chancelier Adenauer. Ils font partie de cette génération qui fera de l’après-guerre les Trente glorieuses, après avoir vécu l’un l’occupation à Lyon, terre de résistance et de milice, l’autre l’intégration forcée de l’Alsace au Reich, avec l’enrôlement forcé ou la traque des frère et cousins pour le front russe, et l’Arbeitsdienst en Allemagne pour les filles. Annemarie Loux passera ainsi une partie de la guerre dans une ferme de l’Eiffel. Mais dès 1947, elle obtient une bourse d’études en Amérique, et elle passera un an au Winthrop College de Caroline du Sud, le basculement dans un autre univers, de prospérité et de paix, mais où règnent encore incontestée la ségrégation et la loi de Lynch.

La famille s’installe en 1958 à Bièvres, petit village de l’Essonne, qui offre l’avantage d’être proche de l’aéroport d’Orly, où le père est affecté dès l’ouverture de l’aéroport en 1961., tandis que la mère enseigne l’allemand au lycée de Montgeron, puis au lycée de jeunes filles La Bruyère à Versailles. Le père s’investit très vite dans l’action collective. Après avoir tâté du PSA aux côtés de Michel Rocard, il rejoint la Convention des Institutions Républicaines, qui sera la matrice du futur Parti socialiste ; mais le primat des ambitions individuelles sur la mobilisation collective le rebute. Il réserve son énergie à l’action locale, créant une association des parents d’élèves de la vallée de la Bièvre ; celle-ci met en place le premier réseau de transport par cars scolaires, qui permettra à des milliers de jeunes éloignés de la ligne de chemin de fer de poursuivre leurs études au-delà du primaire. A celle-ci s’ajoutera l’Association Sportive de la Vallée de la Bièvre, qui permettra à ces mêmes jeunes de découvrir la natation et deviendra le premier club de natation de France avec 6000 pratiquants : mais là encore, il ne s’agit pas de produire des champions, mais des citoyens conscients, solidaires  et épanouis.